فاضلاب بخش گندزدايي و استريليزاسيون
در بخش گندزدايي و استريليزاسيون، وسايل پزشكي آلوده پاکسازی و استريل می‌شوند. در اين بخش هم در فرايند استريليزاسيون و هم در فرايند گندزدايي، مايعات آلوده توليد می‌شود. اين مايعات آلوده حاوي مواد گندزدا، بافت‌ها و مايعات بدن و… است.
گندزدايي
گندزدايي تجهيزات پزشكي در اتاقك شستشو انجام می‌شود. فاضلاب اتاقك شستشو حاوي مواد شوينده است و pH و دماي بالايي دماي) حدود ۹۰ درجه سانتیگراد) دارد. توصيه می‌شود اين نوع فاضلاب، ابتدا از طريق قرار گرفتن در محيط يا اختلاط با آب شير خنك شده و سپس به فاضلاب‌رو تخليه شود.
استريليزاسيون
استريليزاسيون تجهيزات پزشكي با بخارآب در دماي بالا )روش اتوكلاو كردن( انجام می‌شود. بخارآب تولیدشده پس از ميعان به شكل جريان آبي ظاهر می‌شود. مقداري فاضلاب نيز در زمان شستشو و گندزدايي اتاقك استريليزاسيون توليد می‌شود.
اين بخش از فاضلاب استريليزاسيون حاوي مواد پاک‌کننده و پراكسيدهيدروژن است. معمولاً مقدار فاضلاب تولیدشده در فرايند استريليزاسيون كم بوده و می‌توان آن را به فاضلاب‌رو تخليه نمود. توصيه می‌شود فاضلاب استريليزاسيون، ابتدا از طريق قرار گرفتن در محيط يا اختلاط با آب شير خنك شده و سپس به فاضلاب‌رو تخليه شود.
شستشوي چرخ‌دستی و سيني
در بخش استريليزاسيون چرخ‌دستی و سینی‌های حمل‌ونقل تجهيزات پزشكي آلوده نيز شستشو می‌شود. فاضلاب تولیدشده در شستشوي چرخ‌دستی و سینی‌های آلوده حاوي پاک‌کننده‌ها، مايعات و بافتهاي بدن است.
معمولاً مقدار اين نوع فاضلاب نيز محدود بوده و تنها مشكل آن، pH و دماي بالاست. توصيه می‌شود اين نوع فاضلاب، ابتدا از طريق قرار گرفتن در محيط يا اختلاط با آب شير خنك شده و سپس به فاضلاب‌رو تخليه شود.
آندوسكوپي
پاکسازی تجهيزات پزشكي مورداستفاده در آندوسكوپي در چند مرحله شامل تميز كردن، گندزدايي، استريليزاسيون و شستشو انجام می‌شود. در فرايند پاکسازی مذكور، از پاک‌کننده‌های آنزيمي و دی‌اکسید کلر استفاده می‌شود. همچنين براي شستشوي تجهيزات آندوسكوپي، از آب یونیزه استفاده می‌شود كه براي توليد آن معمولاً روش‌های اسمز معكوس و تبادل يون بكار می‌رود.
در بخشي از فرايند پاکسازی، برخي از تجهيزات آندوسكوپي با استفاده از اتوكلاو استريل می‌شوند. در بیشتر موارد، مواد شيميايي مصرفي در پاکسازی تجهيزات آندوسكوپي با مقدار قابل‌توجهی آب مخلوط شده و به ميزان كافي رقيق می‌شود. اختلاط فاضلاب بخش آندوسکوپی با ساير بخش‌ها، رقیق‌سازی مواد شيميايي مذكور را افزايش می‌دهد. بنابراين فاضلاب اين بخش را می‌توان به فاضلاب‌رو تخليه كرد. توصيه می‌شود دماي فاضلاب مذكور پايش شده و در صورت نياز قبل از تخليه به فاضلاب‌رو خنك گردد.
دياليز كليوي
در برخي بيماران كليوي، دياليز به‌عنوان جايگزين كليه عمل می‌کند. در دستگاه دياليز، ناخالصی‌های آب جداسازي شده و جريان آبي آلوده توليد می‌شود. مراحل تصفيه آب در دستگاه دياليز شامل سختي گيري، جذب سطحي به‌وسیله ستون كربن فعال گرانوله، فيلتر گرانوله و اسمز معكوس است.
دستگاه‌های دياليز جديد داراي واحد اسمز معكوس دوگانه و شستشوي هفتگي مسير جريان آب با آب گرم با دماي بالاتر از ۹۰ درجه سانتیگراد براي جلوگيري از تشكيل بيوفيلم می‌باشند. فاضلاب دستگاه دياليز را می‌توان به فاضلاب‌رو تخليه كرد.
فاضلاب مرحله شستشو
مرحله شستشو بعد از دياليز انجام می‌شود. در اين مرحله اسيدهاي ضعيف و رقيق ) براي مثال اسیدسیتریک( در دماي ۸۵ °C به چرخه آب واردشده و مسير جريان آب را شستشو می‌دهد و پس از خنک‌سازی از سيستم تخليه می‌شود. اين فاضلاب را نيز می‌توان به فاضلاب‌رو تخليه نمود.
شستشوي معكوس و احياء
شستشوي معكوس و احياء واحدهاي تصفيه آب دستگاه دياليز، به‌ویژه واحد اسمز معكوس، فاضلابي با غلظت بالايي از آلاینده‌ها توليد می‌کند. فاضلاب تولیدشده در احياء سختي گير، pH نامناسبي ( اسيدي يا قليايي)دارد.
مقدار فاضلاب تولیدشده در شستشوي معكوس و احياء واحدهاي تصفيه آب دستگاه دياليز نسبتاً كم است و می‌توان آن را به فاضلاب‌رو تخليه نمود، مشروط بر اينكه به تأسيسات جمع‌آوری فاضلاب آسيب وارد نكند و عملكرد تصفیه‌خانه فاضلاب را مختل ننمايد.